数据库

实验记录本与工具

实验记录页、实验流程、数据表、签名，以及实验计算器。

页面

• 页面放在主题（Topics）里，像写文档一样写，以 Markdown 格式保存。新页面放进你当前打开的主题，没有打开主题时放进 收件箱（Inbox）（实验和组会记录各有自己的主题）。在行首输入 / 会弹出 模块菜单：表格、图表、实验流程、计算器以及下面介绍的其他模块。模板（Templates）：⋯ → 存为模板（Save as template），之后就能用它新建 页面（与已有模板重名时，会先询问是否替换）。模板保留页面类型（实验模板建出来的是实验页面）；仅保留结构（Structure only）保留标题、 步骤和表头，去掉结果、勾选、读数、图片，以及写在 Results、 Observations 或 Conclusion 下的内容；与实验室共享（Share it with the lab）把它提供给 所有人。
• 输入 @ 可以链接小鼠、质粒、订购或任何库存记录——抗体、样本、引物 （@antibodies 5），按名称、货号或批号查找（完整输入的批号或货号，如 @0012，排在最前；anti-β-actin 或 Waf1/Cip1 这样的名字按原样就能找到），也可以按名称链接一个数据库 （@antib 会提示 Antibodies，选中后列出其中的记录），或者链接同事（@jordan，用于待办事项）；之后页面和记录互相链接， 记录会在引用此记录的实验记录本页面（Used in notebook pages）下列出这个页面。链接标签会在编号后显示记录名称 （@antibodies 5 · anti-p53）。鼠标悬停可以看到 详细信息；点击打开记录，↗（或 ⌘/Ctrl+点击）在新的 BioManager 标签页里打开。
• 每日记录（Daily log，Today）和组会（Meetings）：报告人轮值、共享的会议记录，以及待办事项 （- [ ] @name …, due …），会发到那个人的待办里——在任何页面都可以用 ⋯ → 把 @name 的事项发为待办（Send @name tasks as to-dos）。

实验和实验流程

• 实验（Experiments）：目的、实验设计、样本和批号、步骤、结果。开始（Start）和完成（Finished）会记下时间； 计划中、进行中、已完成或失败会显示在侧边栏。（鼠群里的实验标签页管理的是动物分组。）
• 鼠群实验（Colony experiment，/experiment）在页面里显示你任何动物上的一个实验：每天的处理、 完成时间和操作人、每只小鼠的给药量，以及体重的表格和图表（克数或相对第一次 体重的百分比，并标出处理日）。它会保持更新；冻结副本（Freeze a copy）把当前显示的内容固定在页面里， 这样之后实验再改，也不会改动你的记录。在实验本身的页面上，添加到实验记录本（Add to notebook）会为它新建一页 你的记录，里面已经放好这个模块。
• 实验流程（Protocols）有版本编号。由此开始实验（Start an experiment from it）把步骤复制为检查清单，并记录 所用版本；执行模式（Run mode）在实验台前一步一步带你完成。侧边栏里的实验流程（或 /protocol）打开流程库：实验室自己的流程，以及十几个内置的常用流程，可以插入或复制。

数据和计算器

• 数据表（Data sheets）：从 Excel 或 CSV 粘贴，添加公式列，然后作图（柱状图、点图、箱线图、散点图、折线图），带误差 线、拟合线，以及 t 检验、Mann–Whitney 检验或方差分析。酶标仪（Plate reader）和 qPCR 模块根据 标准曲线算出浓度，或算出 ΔΔCt 倍数变化。
• 缓冲液配方（Buffer recipes）随体积缩放；内置常用缓冲液，实验室自己的配方全组共享。计算器（Calculators） 包括稀释、摩尔浓度、预混液、梯度稀释、连接、细胞、凝胶、DNA/RNA 和蛋白（A₂₈₀）（Protein (A₂₈₀)）：粘贴 序列（或给出 ε 和分子量）和读数，就能得到 µM 和 mg/mL。步骤里的时长会带一个 ⏱ 计时器，以步骤自己的文字命名；时间点（6, 24, 48 h、at 24 h、the 48 h samples）不会。页面上的时间（started 16:00）按实验室的时区计算，不管你电脑设的是哪个时区。

给页面签名

当某一页应当作为你工作的正式记录时，就签名（Sign）——签不签由你决定，一页一页来；不会有任何东西强制你签。你要确认 自己的身份（输入密码；如果用 Google 或微软账号登录，则输入用户名），并确认签名的含义。页面的确切文本会 生成指纹并保存为一个版本，其中实时显示的实验会冻结为当时的状态，页面随即锁定：谁都不能修改 或删除。实验室同事可以见证（Witness）。要修改，页面负责人需填写理由进行修订（Amends）；理由和每个 签名都会保留在页面上，并分别显示页面现在是否仍与签名时一致。

协作

可以把页面共享给他人阅读或编辑，对象可以是个人、全实验室或某个项目组；有编辑权限的人可以 同时在里面输入。可以对某一段加评论，用 @name 通知 那个人（在设置 → 通知（Settings → Notifications）里可以关掉这类通知）。版本历史（Version history）保存每一次编辑，可以 比较或恢复。标签和搜索（Tags and search）覆盖你能打开的所有页面。

工具

侧边栏里实验记录本下的工具（Utilities）收录了 41 个实验台计算器。在列表里找，或在查找 计算器（Find a calculator）里输入（直接输字母就行：a260、ddct，或你正在做的事，比如 nanodrop）；结果随输入即时变化，每个计算器都会在这台电脑上记住你上次输入的值，重置（Reset）恢复 到示例值。大多数计算器会求解你留空的那个字段（会有标记），单位可以自己选。

溶液与缓冲液

摩尔浓度；稀释（C₁V₁ = C₂V₂）；梯度稀释；百分比溶液；×倍储液；质量浓度 ↔ 摩尔浓度；缓冲液 pH（Henderson–Hasselbalch 方程，考虑温度）；渗透压；化学品换算（配方里是一种形式，手头是另一种 水合物或盐）。输入化学品名称或分子式即可填入分子量，优先使用实验室自己的列表（MgCl2·6H2O 和 magnesium chloride hexahydrate 是同一种）；不认识的化学品会留空，由你自己填分子量。

DNA 与 RNA

由 A₂₆₀ 算浓度；质量 ↔ 摩尔 ↔ 拷贝数；寡核苷酸 Tm、GC、分子量和溶解体积；连接反应 插入片段:载体比例；HiFi/Gibson 组装；PCR 和 qPCR 预混液；由标准曲线算 qPCR 扩增效率；ΔΔCt 倍数变化； 转化效率。

蛋白

由 A₂₈₀ 算浓度；由序列算分子量、ε 和 pI；标准曲线（BCA、Bradford、ELISA）读出 样品浓度；SDS-PAGE 配胶；每孔上样 µg 数。

细胞

血球计数板计数；铺板（按培养器皿）；倍增时间；转染体系放大；按 MOI 算病毒量； 由阳性细胞百分比算慢病毒滴度；细胞冻存；给药处理的药物和溶剂对照用量。

细菌与酵母

OD₆₀₀ 换算细胞数和稀释；达到某个 OD 所需时间；平板和培养基中的抗生素用量。

离心、动物与凝胶

rpm ↔ × g；按体重给药剂量；琼脂糖凝胶；放射性衰变。

统计与单位

平均值、SD、SEM 和 CV；每组所需动物或样本数；单位换算。

计算器下方的参考表（Reference tables）：培养器皿、缓冲液、抗生素、琼脂糖凝胶、同位素和分子 量。指向某个计算器的链接（…/utilities#dilution）会直接打开它。